等到了德川家康建立幕府，統治日本之後，他不僅沒有扭轉這種趨勢的想法，反而更加推進了這項政策，各藩所到的限制越來越多，財政也越來越窘迫。在德川幕府的規定下，一個十幾萬石左右的大名，所能夠擁有的武裝也僅僅只有兩千多人而已——而且裝備也日趨低劣，僅僅只能夠維持它的領地的治安。就連幕府自己，也開始以終從事軍職的旗本和他們的侍從作為幕府的核心力量。

於是，在拋棄了大規模武裝之後，農民已經被排除出了軍事領域，再加上日本多年來再也沒有發生大的戰，一兩代人的時間，早已讓他們忘卻了當年的戰火和訓練，各藩就算現在想要讓他們打仗，倉促之間又如何能夠讓他們為軍隊的一份子？

各藩雖然心急火燎，但是他們只能急地召集他們的親近武士和侍從，幾天湊出了幾千人趕到了長崎，而且裝備大多數不齊。並且因為幕府止各藩私自與別國易武的緣故，所以他們的火也多年沒有更換，大多老朽不堪，連能不能使用都為了問題。

當發現各藩召集起來的人竟然是這樣劣不堪時，藤忠重和曾我古佑不知道是該為幕府限制各藩的政策之功到高興，還是為自己現在形勢之窘迫而苦惱，都有一些哭笑不得的覺。

不過，縱使心裡覺得悲觀，該做的事還是要做，他們兩個只能一邊按捺住心裡的焦急和恐懼，一邊認真地開始布防。作為他們的駐節地，長崎港自然是重中之重，他們把集結起來的軍隊大部分都放在了長崎，然後將剩下的一部分軍隊開始往北部移，希能夠給福岡藩以一定的支援——歷史上元軍兩次登陸的博多灣就在福岡藩的境，所以藤忠重等人當然不會放鬆那裡的戒備，福岡藩本藩的軍隊也被他們留在了那裡，準備這兩個重點防的地區有事時互相支援，

等到親幕府的藩先期準備初步完之後，藤忠重也顧不得再考慮其他了，開始派使者通知九州的其他藩主，並且號召他們趕整備軍隊，在本鄉守土，以防被大漢趁隙侵，這個命令也同樣惹起了一陣極大的。

然而，令他們十分奇怪的是，雖然現在九州各藩都已經得到了通知，而且都在協助幕府方進行搜捕，但是大漢商館那些逃跑的員們卻還是一個都沒有抓住，好像他們都已經神了一樣。